超載是指車輛的載重超過了規定的限制。超載不僅會影響車輛的安全性能，還會增加道路的磨損，對其他車輛和行人的安全也會造成威脅。因此，超載是交通違法行為之一，需要嚴格處罰。那么，當車輛超載40%且搭載兩名乘客時，應該如何處罰呢？

根據《中華人民共和國道路交通安全法》的規定，超載行為應當按照以下標準處罰

1. 車輛超載20%以下的，罰款200元；

2. 車輛超載20%以上但不到50%的，罰款500元；

3. 車輛超載50%以上的，罰款1000元，并吊銷機動車駕駛證。

因此，當車輛超載40%時，應當按照第二條規定處罰，同時，根據《中華人民共和國道路交通安全法》第九十九條的規定，搭載超員的車輛也需要按照一定的標準處罰

1. 超載人數不超過車輛核定載客人數20%的，罰款200元；

2. 超載人數超過車輛核定載客人數20%的，

因此，當車輛搭載兩名乘客時，如果車輛核定載客人數為4人，則超員人數為50%，應當按照第二條規定處罰，

需要注意的是，如果超載行為造成了交通事故，還可能承擔相應的民事責任和刑事責任。因此，駕駛員和車主都應該嚴格遵守交通規則，不要超載和超員。

總之，當車輛超載40%且搭載兩名乘客時，應當按照超載和超員的規定分別處罰，罰款合計1000元。大家在日常行車中一定要注意規避超載和超員行為，保障自己和他人的交通安全。