一、扣除獎金或者工資

企業可以根據員工違反規定的情況，對其進行扣除獎金或者工資的處罰。這種處罰方式是比較常見的，但是扣除的金額不能超過員工一個月的工資。

二、解除勞動合同

如果員工不愿意參加企業組織的體檢，企業可以解除其勞動合同。在解除勞動合同的時候，企業需要給員工一個合理的補償，同時需要遵守相關法律法規。

三、追究法律責任

如果員工不參加體檢，導致企業出現了重大事故或者其他損失，企業可以追究其法律責任。這種情況下，員工可能面臨罰款、行政拘留等處罰。

總之，員工應當認真對待企業組織的體檢，遵守相關規定，否則將會受到不同程度的處罰。企業也應當加強對員工的宣傳教育，讓員工了解體檢的重要性，提高員工的意識。